司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看。

    民事案件

    一般会结案

   在民事纠纷案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照法院要求将该协议内容形成书面文件（如调解书），由法院确认其效力。当债务人按照分期付款协议按时、足额履行了全部还款义务后，案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，在借贷纠纷中，法院主持双方达成了分 12 期还款的调解协议，债务人在 12 期内都按时还款，那么法院会终结该案件的执行程序，进行结案处理。

    可能不结案

   若债务人在分期付款过程中出现违约情况，没有按照协议约定的时间和金额还款，那么债权人有权依据相关法律文书（如调解书、判决书等）向法院申请恢复执行。此时，案件就不会因为达成了分期付款协议而真正结案，而是会重新进入执行程序。

   比如，债务人原本应每月还款 1000 元，连续 3 个月都未按时还款，债权人就可以申请恢复执行，要求债务人一次性偿还剩余款项，案件继续处于执行状态。

    刑事案件附带民事赔偿部分

    民事赔偿部分可能结案

   刑事案件中涉及民事赔偿的，如果被告人与被害人就民事赔偿达成司法协商分期付款协议，在被告人按照协议履行完赔偿义务后，附带民事诉讼部分会结案。例如，在故意伤害案件中，被告人与被害人达成了分阶段赔偿医疗费、误工费等损失的协议，当被告人全部赔偿到位后，附带民事部分的案件会终结。

    刑事案件本身不受影响

   需要注意的是，刑事案件的刑事部分并不会因为民事赔偿的分期付款及履行情况而直接结案。刑事部分是对犯罪行为的惩处，要依据犯罪事实、证据以及相关法律规定进行审判和执行刑罚。即使被告人积极履行了民事赔偿的分期付款协议，刑事部分仍需按照法定程序进行，直到刑罚执行完毕等法定结案情形出现。