司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般情况

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照协议约定，债务人按时、足额履行了分期还款义务，那么案件通常会结案。以民间借贷纠纷为例，原告起诉被告要求偿还借款，在法院主持下双方达成司法协商，约定被告分若干期偿还借款。当被告依约完成全部还款后，意味着双方的债权债务关系已经消灭，法院会根据实际情况作出结案处理，可能会以执行完毕、和解履行完毕等方式结案。

    特殊情况

    未完全履行 ：如果债务人在分期付款过程中出现违约，例如未按时还款或者还款金额不足，那么案件通常不会结案。债权人有权依据协议和相关法律规定，要求恢复执行程序，继续追讨剩余款项。比如在上述民间借贷案例中，被告第二期款项就逾期未还，原告可以向法院申请恢复执行，法院会重新启动执行程序来保障原告的合法权益。

    协议存在争议 ：若双方在履行分期付款协议过程中对协议条款的理解产生争议，例如对还款时间、还款金额的计算方式等存在分歧，也可能导致案件无法顺利结案。这种情况下，可能需要通过进一步的协商、调解甚至再次诉讼来解决争议。

    刑事案件附带民事赔偿

    积极履行赔偿

   在刑事案件附带民事赔偿部分，如果被告人与被害人达成司法协商分期付款协议，并且被告人积极履行了赔偿义务，法院在考量被告人的悔罪表现等因素时会予以考虑。在被告人完成全部赔偿后，附带民事部分通常会结案。例如在故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成分期赔偿协议，被告人按约赔偿完毕，附带民事部分的处理就会结束。

    不履行赔偿

   如果被告人不履行分期付款协议，被害人可以向法院申请强制执行。此时，刑事部分可能已经审结，但附带民事赔偿的执行程序会继续进行，直至赔偿义务履行完毕或者出现法定的终结执行情形，案件才会结案。

    行政案件涉及金钱给付

    达成并履行协议

   在行政案件中，如果涉及金钱给付内容，如行政赔偿等，行政相对人与行政机关达成司法协商分期付款协议并履行完毕，案件会结案。例如在行政违法拆迁导致的赔偿案件中，行政机关与被拆迁人达成赔偿分期付款协议，行政机关按约支付赔偿款后，案件会终结。

    未履行协议

   若行政机关或行政相对人未履行协议，另一方可以通过法律途径要求对方继续履行。如行政相对人未按协议支付款项，行政机关可以依法申请强制执行；若行政机关未履行，行政相对人可以通过申诉、复议或再次诉讼等方式维护自身权益，此时案件不会结案。