司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    会结案的情况

    民事诉讼

   在民事诉讼中，如果双方当事人达成司法协商，确定了分期付款的方案，并且该方案得到法院的认可，通常以调解的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下，双方达成调解协议，约定乙分三期偿还借款，法院会根据该调解协议制作民事调解书。一旦调解书生效，案件即告终结。如果被告按照调解书约定的分期还款计划按时足额履行还款义务，那么整个纠纷就得到了妥善解决，案件不会再进入后续的执行等程序。

    刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分，如果被害人与被告人就赔偿事宜达成分期付款的协议，并且履行完毕或者有相应的保障措施，民事部分也会结案。

   比如在一些故意伤害案件中，被告人对被害人造成了人身伤害，需要承担民事赔偿责任。双方在司法机关的主持下达成协议，被告人分期赔偿被害人的医疗费、误工费等损失。当被告人按照协议完成赔偿后，附带民事诉讼部分就会结案，不过刑事案件部分会根据具体的犯罪情节继续进行相应的刑事审判流程。

    不会立即结案的情况

    未完全履行协议

   即使达成了分期付款协议，但只要债务人没有按照协议的约定按时、足额履行付款义务，案件就不会结案。债权人可以依据相关的法律文书（如调解书、判决书等）向法院申请强制执行。

   例如，在上述借款纠纷中，乙在支付了第一期款项后，第二期未能按时支付，甲就有权向法院申请强制执行乙的财产，以实现自己的债权。此时，案件会进入执行程序，直到乙履行完全部还款义务或者通过其他合法方式解决债务问题后，案件才会真正结案。

    存在后续监督或其他程序

   有些情况下，即使达成了分期付款协议，法院可能还需要对协议的履行情况进行监督。另外，如果案件涉及一些特殊的事项，如需要对债务人的财产状况进行持续调查等，案件也不会马上结案。

   比如在一些涉及企业债务重组的案件中，企业与债权人达成了分期付款的偿债协议，但法院可能需要监督企业的经营和财务状况，确保企业有能力按照协议还款，在整个监督期内，案件不会结案。