司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案的情况

   在民事纠纷中，如果双方达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案得到法院的认可（比如通过法院出具调解书等方式予以确认），当债务人按照分期付款的约定按时、足额履行了全部还款义务后，案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙偿还借款 10 万元，经法院调解，双方达成协议，乙分 5 期偿还借款，每期 2 万元。乙按照约定全部还清借款后，法院会根据相关程序将该案件作结案处理。

    可能不结案的情况

    未完全履行 ：如果债务人在分期付款过程中出现违约，没有按照约定的时间和金额还款，那么债权人可以依据之前的司法协商内容（如调解书）向法院申请恢复执行，此时案件不会结案，而是会继续进入执行程序。

    存在后续争议 ：即便债务人完成了分期付款，但如果双方对于债务履行过程中的一些附属事项（如利息计算是否准确、是否存在其他费用等）产生新的争议，并且这些争议需要通过司法程序进一步解决，那么案件可能也不会真正意义上的结案。

    刑事案件附带民事赔偿

    一般情况

   在刑事案件中，如果涉及附带民事赔偿部分，双方就民事赔偿达成分期付款协议。当犯罪嫌疑人或其家属按照协议完成全部赔偿后，附带民事部分会结案。不过刑事案件本身是否结案，要根据刑事诉讼的进程来判断，一般要等到整个刑事诉讼程序（包括侦查、审查起诉、审判等阶段）全部结束才会结案。

    特殊情况

   如果犯罪嫌疑人在履行附带民事赔偿分期付款协议过程中违约，被害人可以向法院申请强制执行。同时，犯罪嫌疑人的违约行为可能会影响其在量刑时的从宽情节考量。而且在一些情况下，如果因为赔偿问题未妥善解决，可能会引发被害人的申诉、信访等情况，导致案件处于持续关注和处理的状态，不能完全结案。