司法协商达成分期付款协议后，案件通常会有不同的处理情况，不一定会立即结案：

    可能结案的情况

    执行和解并履行完毕

   在司法程序中，如果是执行阶段达成了分期付款的和解协议，当被执行人按照协议约定的期限和金额，全部履行完付款义务后，法院一般会作结案处理。例如，在一个民间借贷纠纷的执行案件中，法院判决被告偿还原告 50 万元，执行阶段双方协商达成了分 5 期，每期 10 万元，半年内还清的协议。当被告严格按照该协议履行了全部 50 万元的还款义务后，法院会根据相关规定终结执行程序，案件结案。

    双方申请并获法院准许

   如果双方当事人在达成分期付款协议后，共同向法院提出申请，请求法院以和解方式结案，且该申请符合法律规定和法院的要求，法院也会作出结案处理。这种情况下，法院会对双方的和解协议进行审查，确认协议内容合法、自愿、公平，不存在损害国家、集体和他人合法权益等情形后，准许结案。

    通常不会结案的情况

    协议履行期间

   在达成分期付款协议后，只要被执行人还处于按照协议分期还款的过程中，案件通常不会结案。因为法院需要对协议的履行情况进行监督，以确保被执行人按时、足额履行付款义务。例如，在上述民间借贷纠纷中，若被告只支付了前 2 期共 20 万元，还有 30 万元未支付，且仍在协议约定的还款期限内，此时案件依然处于执行状态，法院会持续关注后续还款情况。

    被执行人违约

   如果被执行人在分期付款过程中违反了协议约定，比如未按时支付某一期款项，或者支付的金额不足，那么申请执行人有权向法院申请恢复执行原生效法律文书。这种情况下，案件不仅不会结案，反而会继续按照执行程序进行处理，法院可能会采取查封、扣押、冻结被执行人财产等强制执行措施。