司法协商分期付款后案件通常会结案，但具体情况要根据案件类型和实际操作来判断，以下为你详细分析：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，当双方通过司法协商达成分期付款协议，并且该协议得到法院认可（比如通过法院制作调解书的形式予以确认），如果债务人按照协议约定按时、足额履行分期付款义务，那么案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，在法院主持下双方达成司法协商，约定乙分10期偿还，每期偿还1万元。乙按照协议如期偿还完所有款项后，法院会认定案件执行完毕并结案。

    可能暂不结案

   如果达成的分期付款协议只是双方私下约定，没有经过法院的司法确认，或者虽然有司法确认，但债务人存在违约不按时还款的情况，那么案件可能不会结案。法院可能会根据债权人的申请恢复对原生效法律文书的执行，继续推进案件的处理。

   比如上述案例中，乙偿还了3期后就不再还款，甲可以向法院申请恢复执行剩余的7万元，此时案件就不会结案，而是继续处于执行程序中。

    刑事案件附带民事赔偿

    民事赔偿部分可能结案

   在刑事案件附带民事诉讼中，如果就民事赔偿部分达成了分期付款协议，并且犯罪嫌疑人或其家属按照协议履行赔偿义务，民事赔偿部分通常会结案。

   例如，丙因故意伤害丁被提起公诉，同时丁提起附带民事诉讼要求丙赔偿医疗费等损失5万元。双方在法院主持下达成分期付款协议，丙按约赔偿完毕后，附带民事部分的案件会结案，但刑事部分仍会按照刑事诉讼程序进行处理。

    刑事部分不受影响

   刑事案件的刑事部分不会因为民事赔偿达成分期付款协议而结案。刑事诉讼是国家对犯罪行为进行追诉的程序，其目的是惩罚犯罪、维护社会秩序，犯罪嫌疑人需要承担相应的刑事责任，这与民事赔偿的处理是相互独立的。

   比如上述案例中，即使丙履行了民事赔偿义务，法院仍会根据丙的犯罪事实、情节等依法对其作出刑事判决。