司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般情况

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照协议约定履行了全部付款义务，案件通常会结案。例如，在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，双方在法院主持下达成了分期付款的调解协议。当被告按照协议约定的时间和金额，全部还清借款后，法院会根据具体情况作出结案处理，可能会以执行完毕、调解履行完毕等方式结案。

    未完全履行

   如果只是达成了分期付款协议，但债务人在履行过程中出现违约，没有按照协议按时、足额付款，那么案件通常不会结案。此时，债权人可以向法院申请恢复执行，要求债务人一次性偿还剩余款项，并承担相应的违约责任。比如，协议约定分三期付款，债务人支付了第一期后，第二期未能按时支付，债权人就有权采取进一步的法律措施，案件会继续处于司法程序中。

    刑事案件附带民事赔偿

    赔偿履行完毕

   在刑事案件附带民事诉讼中，如果被告人与被害人就民事赔偿部分达成分期付款协议，并最终履行完毕，刑事部分会按照正常的司法程序进行审判和处理，而附带民事部分会结案。例如，在故意伤害案件中，被告人对被害人造成了人身伤害，同时需要承担民事赔偿责任。双方达成了民事赔偿的分期付款协议，当被告人全部支付完赔偿款后，附带民事诉讼部分会结案，但刑事审判仍会依据犯罪事实和情节进行判决。

    未履行赔偿

   如果被告人在分期付款过程中违约，没有履行赔偿义务，被害人可以通过法律途径要求被告人一次性支付剩余赔偿款。刑事部分的审判不受影响，但附带民事部分的案件不会结案，法院可能会采取强制执行措施保障被害人的合法权益。

    行政案件涉及金钱给付的协商

    履行义务

   在行政案件中，如果行政相对人与行政机关就金钱给付义务达成司法协商分期付款协议，并且相对人按照协议履行完毕，案件会结案。例如，在税务行政处罚案件中，纳税人与税务机关达成了分期缴纳罚款的协议，当纳税人缴清全部罚款后，案件就会结束。

    未履行义务

   若相对人未按协议履行，行政机关可以依法采取相应的措施，如加处罚款、申请法院强制执行等，案件也不会结案，直到相对人履行完义务为止。