司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方当事人在司法程序（如诉讼过程中或执行阶段）达成了分期付款的协商协议，并且按照协议的约定履行了相应的义务，通常案件会结案。

    诉讼阶段 ：在法院审理过程中，双方达成分期付款的和解协议，原告可以向法院申请撤诉。法院裁定准许撤诉后，案件即告终结。例如，甲起诉乙偿还借款 10 万元，在法院审理期间，甲乙协商一致，乙分 3 期偿还借款，甲向法院申请撤诉，法院准许后，此民事案件结案。

    执行阶段 ：如果是在执行阶段达成执行和解协议，约定分期付款，当被执行人按照协议全部履行完毕后，执行法院会作执行结案处理。根据相关规定，和解协议履行完毕的，人民法院作执行结案处理。比如，法院判决丙向丁支付赔偿款 20 万元，进入执行程序后，丙与丁协商分期支付，丙按约付清全部款项后，执行法院会结案。

    可能不结案

   如果达成了分期付款协议，但债务人没有按照协议履行付款义务，案件通常不会结案。在这种情况下，债权人可以采取相应的措施来维护自己的权益。

    诉讼阶段 ：如果是在诉讼中和解并撤诉后，债务人不履行分期还款协议，债权人可以再次向法院起诉。例如，上述甲乙的案例中，若乙未按约定支付第二期款项，甲可以再次起诉乙要求还款。

    执行阶段 ：在执行和解后，被执行人不履行和解协议的，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书，也可以就履行执行和解协议向执行法院提起诉讼。如丙丁案例中，若丙未按分期协议支付赔偿款，丁可以申请恢复原判决的执行。

    刑事案件

   刑事案件一般不存在当事人之间就刑事责任进行司法协商分期付款的情况。不过，如果刑事案件涉及附带民事诉讼，在附带民事诉讼部分达成分期付款协议，其结案情况与民事案件类似。

    - 当附带民事诉讼的被告按照分期付款协议履行完赔偿义务后，附带民事诉讼部分会结案，但刑事案件本身会根据犯罪事实、证据等依法进行判决，不会因为附带民事诉讼的赔偿达成协议而直接结案。例如，在故意伤害案件中，被告人与被害人就附带民事赔偿达成分期赔偿协议并履行完毕，附带民事诉讼部分终结，但被告人仍需承担相应的刑事责任，刑事案件会继续按照法定程序进行审理和判决。