司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看：

    民事案件

    会结案的情况

   一般来说，如果双方当事人在司法程序中（如诉讼过程中在法院主持下达成调解协议，或者在执行阶段达成执行和解协议）就债务的偿还达成了分期付款的方案，并且债务人按照该方案按时、足额履行了每一期的还款义务，那么案件通常会结案。

    - 在诉讼调解阶段达成分期付款协议并履行完毕的，法院会按照调解程序终结案件，作出结案处理。

    - 在执行阶段，达成执行和解协议并履行完毕的，法院会裁定执行终结，案件就此结案。例如，甲起诉乙偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成调解，约定乙分 10 个月每月偿还 1 万元。乙严格按照协议履行了 10 个月的还款义务后，法院会结案。

    不会结案的情况

   如果债务人没有按照司法协商确定的分期付款方案履行义务，那么案件不会结案。

    - 在诉讼调解阶段达成协议后未履行，债权人可以向法院申请强制执行。例如，还是上述案例，乙偿还了 3 个月后就不再还款，甲可以向法院申请强制执行剩余的 7 万元，此时案件会进入执行程序，不会结案。

    - 在执行阶段达成执行和解协议后不履行的，债权人可以申请恢复对原生效法律文书的执行，法院会继续执行程序，案件也不会结案。

    刑事案件（刑事附带民事部分涉及赔偿分期付款）

   - 刑事部分一旦立案，通常不会因为民事赔偿达成分期付款协议而撤销案件或者终结诉讼程序，其会依据法律规定和犯罪事实进行审理和判决。

   - 对于附带民事赔偿部分，如果达成分期付款协议且得到履行，法院在附带民事诉讼部分会作出相应处理。如果被告人按照协议履行完毕赔偿义务，附带民事诉讼部分可以结案。但如果被告人不履行，附带民事诉讼原告人可以申请强制执行。

   总体而言，司法协商分期付款后是否结案关键在于债务人是否按照约定履行义务。