司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案情况

   在民事案件中，如果双方当事人达成了司法协商分期付款的协议，并且按照该协议履行完毕相关义务，法院通常会将案件作结案处理。

   比如在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，在法院主持下双方达成司法协商，约定被告分三期偿还借款。当被告按照约定的时间和金额全部还清借款后，法院会根据实际情况以执行完毕等方式结案。

    可能不结案情况

    未履行协议 ：如果达成司法协商分期付款协议后，债务人没有按照协议约定的时间和金额履行还款义务，债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。这种情况下，案件不会结案，法院会继续对案件进行执行程序。例如，在上述民间借贷纠纷中，被告只支付了第一期款项，之后便不再履行，原告有权申请恢复执行，案件会继续处于执行状态。

    需要后续监督 ：有些案件即使达成了分期付款协议，法院可能会在一定期限内对协议的履行情况进行监督。在监督期内，案件不会正式结案。比如在一些涉及企业的债务纠纷中，为了确保企业能够按约履行还款义务，保障债权人的合法权益，法院可能会在一定时间内持续关注协议执行情况，待监督期结束且企业完全履行义务后才会结案。

    刑事案件附带民事赔偿

    会结案情况

   当刑事案件附带的民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，且赔偿义务人按照协议完成全部赔偿支付，同时刑事案件的刑事部分已经经过相应的审判程序并作出了生效判决，整个案件通常会结案。例如，在故意伤害案件中，被告人除了要承担刑事责任外，还需对被害人进行民事赔偿。双方达成了分期付款赔偿协议，被告人在规定时间内支付完所有赔偿款，刑事部分也已经判决生效，此时案件会终结。

    不会结案情况

   如果在分期付款过程中，赔偿义务人不履行赔偿协议，被害人可以向法院申请强制执行。并且，若刑事部分存在上诉、抗诉等未完结的程序，案件也不会结案。例如，被告人对刑事判决不服提出上诉，同时又未按民事赔偿的分期付款协议履行义务，那么整个案件会处于持续的司法程序中，直至所有程序完成。