司法协商分期付款后案件一般会结案，但具体情况要分不同场景来看：

    民事诉讼

    通常会结案

   在民事诉讼中，如果双方当事人达成司法协商，约定了分期付款的方案，并且该方案得到法院的认可（比如通过法院出具调解书等方式予以确认）。当双方按照协议开始履行，即债务人按照分期的时间和金额进行还款，债权人接受还款，一般意味着双方的纠纷在某种程度上得到了解决。

   从程序上来说，法院可能会根据情况作出结案处理。以民间借贷纠纷为例，原被告双方在法院主持下达成调解协议，约定被告分三期偿还借款，法院出具了民事调解书。在被告开始按照约定偿还第一期款项后，法院通常会将该案件作结案处理，案件状态会显示为调解结案。

    存在不结案的情况

   如果在分期履行过程中，债务人出现违约，没有按照约定的时间和金额还款，债权人有权依据调解协议或相关法律文书向法院申请强制执行。此时，案件可能会重新进入执行程序，不会真正结案。例如，被告在偿还第一期款项后，第二期款项逾期未还，原告就可以向法院申请强制执行剩余未还的款项，案件会以执行案件的形式继续进行。

    刑事附带民事诉讼

    可能会部分结案

   在刑事附带民事诉讼中，若民事赔偿部分通过司法协商达成了分期付款协议，当该协议开始履行时，民事赔偿这一部分的纠纷可以视为得到解决，在民事程序上可能会结案。但刑事案件部分会根据刑事诉讼的流程继续进行，不受民事赔偿分期付款协议的影响。

   比如在故意伤害案件中，附带民事诉讼原告人与被告人就民事赔偿达成了分期赔偿协议，法院对民事部分可以作出相应的处理并结案。而被告人的刑事责任仍需由法院依据刑法和刑事诉讼法的规定进行审判和判决。

    执行案件

    会以特定方式结案

   在执行案件中，双方当事人达成执行和解协议，约定分期付款。法院可能会根据不同情况以“终结执行”或“终结本次执行程序”的方式结案。

   如果双方严格按照和解协议履行完毕，法院会以终结执行的方式结案，意味着案件彻底结束。但如果在履行过程中出现一些不确定因素，如暂时无法查明被执行人是否有可供执行的其他财产等，法院可能会先以终结本次执行程序的方式结案。待发现被执行人有可供执行财产时，申请执行人可以再次申请恢复执行。