司法协商达成分期付款协议后，案件通常会进入一个新的处理阶段，是否结案需要分情况来看：

    民事案件

    一般会以特定方式结案

    - 在法院主持下，双方当事人就分期付款事宜达成一致并签订调解协议后，法院一般会依据该调解协议制作民事调解书。民事调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，此时案件以调解方式结案。

    - 例如，在借贷纠纷中，债权人起诉债务人要求偿还欠款，双方在法院的组织下协商达成了债务人分期还款的调解协议，法院制作并送达民事调解书后，该案件就会按照调解结案处理。

    可能暂时不结案

    - 如果双方只是自行达成了分期付款的和解协议，并向法院申请了撤诉，那么在法院裁定准许撤诉后，案件以原告撤诉方式结案。但如果债务人不按照和解协议履行分期还款义务，债权人有权再次起诉。

    - 另外，若达成分期付款协议后，双方申请法院对协议进行司法确认，在司法确认程序完成前，案件并未真正意义上结案。只有司法确认裁定书生效后，才相当于以司法确认的方式结案。

    需履行完毕才彻底结案

    - 即使达成了分期付款协议且以调解等方式结案，从严格意义上来说，只有当债务人按照协议约定的期限和金额全部履行完还款义务后，整个案件的权利义务关系才真正终结。如果债务人在履行过程中出现违约，债权人可以依据调解书等法律文书向法院申请强制执行，此时案件又会进入执行程序。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

    - 刑事附带民事诉讼中涉及民事赔偿的部分，如果原被告双方就赔偿达成分期付款协议并获得法院认可，刑事附带民事诉讼部分可能会以调解等方式结案。但刑事案件本身的刑事部分会依据法律规定继续进行审理和判决，不会因为附带民事诉讼的调解而结束。

    - 例如，在故意伤害案件中，被害人提起附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方达成被告人分期赔偿的协议，附带民事诉讼部分可以调解结案，但被告人的刑事责任仍需由法院根据犯罪事实和法律规定进行判定。

    单纯刑事案件不存在此类情况

    - 刑事案件是国家公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人进行追诉，不存在通过协商分期付款来结案的情况。犯罪嫌疑人需要承担的刑事责任由法律规定，必须经过侦查、审查起诉、审判等法定程序来确定和执行。