非婚生子持出生证明上男方户口时被要求做亲子鉴定，通常有以下几方面原因：

    防止抱养、拐卖等违法情形

   在非婚生育的情况下，没有婚姻关系这一相对明确的纽带，为了避免出现将他人孩子通过不正当手段登记到男方户口上的情况，比如防止抱养、拐卖儿童等违法行为，户籍管理部门需要通过亲子鉴定来确认孩子与男方之间确实存在生物学上的亲子关系，以保障户籍登记信息的真实性和合法性。

    出生证明存在特殊情况

    出生证明信息不准确 ：如果出生证明上登记的父亲信息存在错误、不完整或者有涂改等情况，无法准确证明孩子与男方的亲子关系，户籍部门可能会要求进行亲子鉴定来进一步确认。

    出生证明造假风险 ：虽然出生证明是孩子出生的重要凭证，但存在伪造、变造的可能性。为了避免虚假出生证明用于户籍登记，户籍管理机关要求通过亲子鉴定这种更具权威性的方式来核实亲子关系。

    政策规定和管理需要

    各地户籍政策差异 ：不同地区对于非婚生子女落户的具体要求和流程可能有所不同。有些地方为了加强户籍管理，规范人口登记，即便有出生证明，也会要求提供亲子鉴定报告，以确保落户的严谨性和准确性。

    完善人口信息管理 ：亲子鉴定结果可以为人口信息数据库提供更准确的遗传信息关联，有助于完善人口信息管理体系，同时也能在一定程度上避免因户口登记不准确而引发的后续社会问题，如财产继承纠纷、社会保障权益争议等。

   如果遇到这种情况，你可以积极配合进行亲子鉴定，以顺利为孩子办理落户手续。同时，要选择具有资质的鉴定机构进行鉴定，确保鉴定结果的有效性和合法性。