漏打卡一次扣50元是否合法，取决于多个因素，包括单位规章制度、扣款金额的合理性、劳动合同的约定等，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一、单位规章制度的存在与合法性

1. 规章制度的制定：
   • 根据相关法律法规，单位有权制定考勤管理制度，但必须通过民主程序制定，如职工代表大会讨论、与工会协商等，确保制度的合法性和合理性。
   • 规章制度内容需明确、合理，不得违反法律法规的强制性规定，且必须提前告知劳动者或通过签字确认等方式让劳动者知晓。
2. 规章制度的公示与告知：
   • 规章制度制定后，单位需向全体劳动者公示或告知，确保劳动者了解相关规定。
   • 若单位未公示或告知规章制度，劳动者有权主张该制度对其不产生约束力。
     二、扣款金额的合理性
3. 扣款比例的限制：
   • 即便有相关规章制度，扣款金额也需合理，不能过高或显失公平。
   • 一般来说，扣款比例不应超过当月工资的合理范围，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
4. 实际损失与扣款的关系：
   • 若劳动者的漏打卡行为确实给用人单位造成了经济损失，如影响生产进度、工作交接等，用人单位可根据损失情况和劳动者过错程度，在合理范围内扣除工资作为赔偿。
   • 但若未造成实际损失，单位则无权随意扣款。
     三、劳动合同的约定
5. 劳动合同中的相关条款：
   • 劳动者应检查自己的劳动合同中是否有关于漏打卡扣费的明确约定。
   • 若劳动合同中有此约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则单位有权依据合同约定扣除相应工资。
6. 无约定时的处理原则：
   • 若劳动合同中无此约定，而单位又擅自扣费，劳动者有权要求单位给出合理解释或采取法律手段维权。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。以及《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。单位不得随意扣减劳动者工资。
     四、劳动者的维权途径
7. 与公司沟通协商：
   • 劳动者认为单位扣费行为不合法时，首先应与单位进行协商沟通，要求其说明扣费依据。
8. 向劳动监察部门投诉：
   • 若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
9. 申请劳动仲裁或提起诉讼：
   • 劳动者还可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。